不知道怎么整理学术文献?
不光写论文是个难题，整理学术文献也是让很多大学生头疼的问题。
我认为整理文献的主要目的是，让自己在任何条件下，都能快 速找到所需信息。任何详尽的分类，都不如好用的搜索工具。
我的整理思路是：重搜索，轻整理。重搜索，是指利用不同的 搜索工具，快速定位到所需文献。轻整理，是指不对文献分类，或 者只对文献简单分类。
在现在搜索技术已经很强大的情况下，如果利用笔记等手段整 理，反而容易造成条条框框，造成对一篇文献的关注时间过长，不 利于提高效率。除了在文献 PDF上直接标注，我很少用其他软件去 记录看过的文献。因为除了文献本身，没有其他载体能够详尽提供 所需信息。所以整理文献的问题就成了如何快速找出那篇有笔记的PDF 文献。以此为目的，我建立了一套以文献PDF云同步为基础，辅 以大量搜索工具的文献整理方案。
其实做过科研工作的人都会发现，真正需要把一篇文献从头到尾 读完的情况是很少的。在大多数情况下，需要的其实是大批量多轮次 地阅读文献，因为在一个项目的不同阶段，哪怕是同一篇文献，所关 注的信息点也是不一样的。如果在项目初期就对所有的文献，都投入 同样的时间，阅读同样的深度，势必会浪费大量时间。我曾经也走过 文献整理的弯路，每阅读一篇文献，都会在Onenote 上建立一个条目， 按照文献题目、创新点、实验过程、个人感想等分别填空。但是文献 读得多了之后，我觉得这个方法效率不高，用的频率也越来越少了。 我现在主要以 Mendeley 建立电子文献索引为主，并以云端同步PDF 文 献为主要储存手段，通过Everything 、Google Scholar、桌面搜索软件、 Onenote 笔记等多种搜索手段，快速找到自己所要的信息。
一 、构建文献库
在新项目开始之前，我会在 Mendeley 中根据不同项目，建立一 个新文献库。
比如现在需要关注一下微流控单细胞测序的最新发展，我就会 在 Web of Science搜索Microfluidic Single Cell Sequencing, 搜索结果显示有214篇文献。我会把214篇文献的题目先全部浏览 一遍，下载其中大约100篇并快速阅读，最后会剩下大约50篇文献。 把下载的文献拖进 Mendeley,建立原始的文献积累。Mendeley会 自动提取文献信息。设置Mendeley,使其按照文献的发表年份、期刊和文 章题目将文献PDF文件重命名，并将PDF文件自动整理到同一个文件夹中。
之后将这些下载的文献通读一遍。一边阅读，一边在文献PDF 上做笔记，这样就不用另外开一个软件写笔记，并可以对自己感兴 趣的信息直接标注。哪怕打印了纸版的文献，也可以在看完后按照 纸版笔记在PDF上标注，最大可能避免信息碎片化。将这个文献文 件夹用Dropbox云同步，这样在不同的电脑上也可以阅读同一份资料。
二 、搜索文献
第一重搜索，利用Everything的强信息搜索。
我习惯把一篇文献的发表年份、期刊和文章题目看成一篇文 献的强信息，我一般会对文章发表年份和所在期刊有很深的印象， 而文章题目又提供了文章中最主要的信息。在构建文献库的时候， Mendeley已经根据文献发表年、发表期刊和文章题目对文献PDF自 动重命名，利用Everything 就可以在本地实现文献的第一重搜索。
如果搜索目标很明确，比如我现在想找一篇之前在Nature Drug Review(自然药物评论)上看过的关于Drug Combination(药物组合) 的文章，由于关键词很明确，用Everything 直接就从本地找到了， 耗时不超过3秒。
第二重搜索，利用Google Scholar的模糊搜索。
如果搜索目标不那么明确，“总感觉有些文献读过就忘记了，想用的时候想不起来”;或者想找一些特定的问题，不确定本地文 献有没有。这个时候我一般会输入所有能想到的关键词，上Google Scholar 搜索。比如有的时候，我需要某一种酶底物的合成路线， 我只是依稀记得法国Andrew Griffiths(安德鲁 · 格里菲斯)课 题组似乎有做过类似的研究，于是我就把关键词 “France Andrew microfluidic enzyme substrate” 全部输入到Google Scholar中 搜索。然后可能会找到一些已有的文献，就可以根据文献名，用 Everything 在本地快速找到对应的文献。
如果一些文献本地没有，那就直接下载PDF, 阅读后在Mendeley 建立本地索引。如果想要搜索特定的某句话，或者在写文章的时候 想对一些说法进行佐证，就可以用Mendeley的搜索工具。
三、轻整理部分
之后随着进度的推进，一个文献库下的文献慢慢变多，这个时 候就需要在 Mendeley中建立子文件夹了，也就是传统意义上的整理。
不过我不赞成把文献归类做得过细。在一个项目下简单分类， 使每个子文件夹中的文献尽量不超过50篇，再通过发表年份、期刊名、 作者名等信息也可以很容易找到所需的文章。
但是我不会等文献很多了之后才去建立子文件夹，而是会在平 时读文献的时候，根据一个项目下的不同问题，建立一些小的分类。 在 Mendeley中，同一篇文献是可以归入不同的文件夹的，所以在归 文件夹的时候也不用太纠结。
Q&A 小环节
Q: 为什么用Mendeley构建文献库?
A: 我 用Mendeley 而不是 Endnote 构建文献库，主要是因为 Mendeley是我用过所有的文献整理软件中，提取文章题目、发表年 份和期刊等信息最准确和方便的。当你看到一篇有意思的文章，只 需要导入Mendeley, 它就会自动提取文献信息建立条目，并将文件 拷贝到指定文件夹中。其他的软件，要么是提取文献条目的准确度 不高，要么就是建立文献条目非常麻烦，需要花费大量的时间，会 大大降低文献阅读效率。
Q: 为什么用发表年份、期刊和文章题目将文献重命名?
A: 我认为这三者是一篇文献里最直观的信息，这三个信息在之 后的搜索中会经常用到。
Q: 为什么要将所有的PDF 文献放到同一个文件夹下?
A: 把所有的文献全部放到同一个文件夹下，这样在其他项目中 如果再用到该文献，就可以打开同一份PDF文件。之后要阅读文献时， 只从这个文件夹中打开文献就可以了。这样做的好处就是，把所有 的文献和笔记信息全部集中化了，不会造成信息碎片。
最后，任何文献整理软件都不能代替人对文献的 阅读，任何时候，读懂文献中的信息永远是最重要的，整理软件只 能够帮助你更加快速地找到所需信息而已。
只需五步，轻松搞定文献综述
本人是“211”大学的一名在读研究生，本学期刚被导师逼着写 了篇英文综述，磕磕绊绊，但是在摸索的过程中，水平提高了很多。
2017年10月前被告知要写篇综述，直接导致国庆假期没回成家， 折腾了一个多月后，文章出炉，36页，1.2万字(摘要没写),引 文109篇。工具就是Word 2007和Endnote X7。
一 、准备足够多的文献资料
我当时开足马力前前后后下了两百多篇，沾点边的也下了， 比老师给的大概数字多一倍。学校内网里的Web of Science和Science Direct 就够用，我最后发现还是Google Scholar 最给力。 像文献右边有PDF标志的，直接点就可以下，数据库都不用进。
那种相关高质量的综述，可以重点关照。我主要依靠的就是两 三篇看起来能用的综述。
二 、文章下载了是要看的
当然，一口气下了几百篇文章，不可能每篇都全文阅读，而且 全部全文阅读也没多大用。不过相关的综述是一定要读的，而且要读 熟，所研究方向的名家和著名文献也是要读的，这些文章顶多十几篇， 至于剩下的文章，看看Abstract 、Introduction 、Conclusion (结论), 明白大概就可以。Discussion可以不看，Material and Method也 不用看。
每一篇至少都要浏览一遍，知道是干什么的，要不然后面没法分类。
三 、文献分类
我当时用的Endnote 对资料进行分类，方便引用，还能标明等 级和备注信息。
很多文献实在下不下来，但是是可以引用的，只是没有 PDF 文 件，也就是左边有小回形针标志的那些。这种都归到二级文献里去，能用的用，不能用再说。
我当时用了几天时间，把文献分好类，然后大概过了一遍，后 续工作也因此顺畅了不少。
四 、写大纲
设想一下，自己的文章由几部分构成，比如研究概况、影响条 件等，写出一个目录来。每个标题象征性地填充点东西，可以直接 从相关的文献综述里摘，粗糙点也不要紧。
接下来就是往标题里填东西了，最好的办法从现成的文献综述 里摘取，去分好类的文献里面的摘要和结论中摘。尽量避免大段摘取， 明白综述作者的思路再自己拆分。
总之把文章填出个雏形就好。文章最后是要整体改的，这只是 提纲部分。
我当时写好的提纲不到1万字，也就30页出头。
参考文献部分用Endnote 就好，Endnote 使用起来能够大大加快 文章进度，引用文献极其方便。
五、充实和调整
这一步是比较费时间的，你需要从头开始慢慢磨合和调整，包括语言的润色、逻辑的打理、句子和句子的语序调整、段落之间的 搭配、细节格式的调整。总之尽量保证语句通顺，逻辑合理，格式 上不出太大问题。
英文文献综述写起来有困难的话，不妨用翻译网站辅助，个人 感觉百度翻译比谷歌翻译好用。
Introduction 之类的需要自己慢慢构思来写，比较费时间， Introduction 部分建议不要分太多段落，三五段足矣，每段几百词 即可。最好一边写一边参考综述，比较重要、想要写好的部分，自 己消化之后再写出来。
多把对重要人物表述的引用放在显眼的地方。 开头和结尾用心写，注意逻辑的衔接。
这样全篇过上两三遍，文章就可以看了，想写得再好点不妨多 修改修改，尽量用自己的语言来表述，表格、插图该放就放，让内 容尽量丰富起来。
这样，一篇文献综述就基本写成了。
