国立第四中山大学医学院在上海吴淞创立，是中国人创办的第一所国立大学医学院。

随国立第四中山大学相继更名为国立江苏大学，后只称“江苏大学”、国立中央大学。学院相继更名为“江苏大学医学院”及“国立中央大学医学院”。

学院接办中国红十字会总医院（今华山医院），为学校第一所实习医院。

国立中央大学医学院独立为国立上海医学院（简称“上医”），是中国唯一的国立医学院。

附设护士学校一所。

部分师生迁址云南昆明白龙潭办学

昆明告急，学校辗转迁至四川重庆歌乐山重建校舍。

抗战胜利，国立上海医学院回迁上海。

国立上海医学院开始研究生教育。

学校改称“上海医学院”。

中法大学药学专修科并入。

浙江大学理学院药学系、浙江医学院药学系相继并入上海医学院。

学校更名为“上海第一医学院”，直属中央卫生部领导。

上海第一医学院部份院系及相应重点学科（地方病防治学、高山病学、传染学、神经学、儿科学及内科诊断学）西迁重庆，组建上海第一医学院重庆分校，其附属华山医院、中山医院和儿科医院也部份西迁至重庆，组建为上海第一医学院附属重庆第一医院和重庆市儿童医院

上海第一医学院重庆分院脱离上海第一医学院管理，独立成立重庆医学院（重庆医科大学前身），其在渝附属医院也划归重庆医学院。

学校被中共中央确定为全国16所重点高等学校之一。

上海第一医学院再度被国务院认定为全国重点院校。

成为全国首批博士和硕士学位授予单位。

成为国务院批准的首批试办研究生院的22所重点高校之一。

经卫生部批准，上海第一医学院改名为上海医科大学。

上海医科大学通过“211工程”预审，为上海第一所获此资格的高校。

卫生部和上海市人民政府决定共建上海医科大学，卫生部部属体制不变，同时实行卫生部与上海市双重领导。

上海医科大学由卫生部划转教育部管理。  

上海医科大学和复旦大学（1999年进入“985工程”）合并办学，组建为新的复旦大学。

在原上海医科大学的架构上建立了复旦大学医学院，受学校委托，在授权范围内负责对原上海医科大学所属的学院（部）、附属医院、科研机构和直属单位实施领导和管理。

学校发文决定，撤销复旦大学医学院（原上海医科大学）党委和行政建制，两校区的职能部门进行实质性归并，实行“横向到边、纵向到底”管理；原医学院所属的各学院、附属医院及放射医学研究所由学校直接管理；成立枫林校区管理委员会，承担上传下达和协调职能。

学校宣布撤销基础医学院、中山临床医学院、华山临床医学院和上海市第一人民医院临床医学院建制，成立新的复旦大学医学院，主要承担临床医学、基础医学、法医学和预防医学及公共卫生等医学类专业基础医学的教育教学任务，负有组织协调基础医学、法医学、临床医学教学和学科建设的职能。  

学校根据原上海医科大学校友的建议，决定将“复旦大学医学院”更名为“复旦大学上海医学院”。

各医学院系所重新整合，新的上海医学院成立。“上海医学院”作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限，统筹领导基础医学院（恢复成立）、公共卫生学院、药学院、护理学院、生物医学研究院、脑科学研究院等单位，统筹管理附属医院的教学、科研、学科建设等学术事务。 

恢复复旦大学临床医学院建制。

枫林校区改扩建工程正式启动。 

教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府正式签约，在保持体制不变的原则上，共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院。

复旦大学上海医学院高水平地方高校试点建设正式启动。

中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医学院校科技量值报告》，复旦大学上海医学院综合排名位列前10位。

发起成立长三角医学教育联盟。