1935年
国立中央大学医学院成立。
1937年
中日战争全面爆发，中央大学医学院内迁到四川成都华西坝办学。
1941年
国民革命军第八路军晋西北军区卫生学校成立。
1942年
学校更名八路军晋绥军区卫生学校。
1946年
晋绥军区卫生学校又更名西北人民医药专门学校。
1946年
抗日战争胜利后，中央大学医学院迁回南京。
1948年11月
学校进驻西安，西北人民医药专门学校升格为西北军区人民医学院。
1949年
中央大学医学院改名南京大学医学院。
1951年
西北军区人民医学院更名中国人民解放军第一军医学院。
1952年
南京大学医学院先后改名华东军区医学院、第三军医学院、第五军医大学。
1952年10月
奉中央军委命令，第一军医学院升格中国人民解放军第四军医大学。
1954年
撤销第五军医大学建制，部分参与合并解放军第六军医学校（后为南京铁道医学院，又并入东南大学），大部分并入第四军医大学。
1954年
原第五军医大学由南京迁至西安，与原第四军医大学合并成立新的第四军医大学。
1959年
学校被确定为全国首批重点大学。
1981年11月
经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。
1995年
进入军队重点建设院校行列。
1997年
成为国家首批“211工程”重点建设院校。
2017年
因中国军队改革，空军航空医学研究所并入后转隶空军并更名为中国人民解放军空军军医大学。
2017年9月
入选国家首批“双一流”世界一流学科建设高校名单。
2018年11月
空军军医大学与西安市人民政府签署战略合作协议。
2019年1月
学校与北京航空航天大学签署战略合作协议
