| 学院 | 专业 |
|---|---|
| 中医学院 | 中医学(卓越中医儿科班) 中医学 中医学(实验班) |
| 中药学院 | 中药制药 药学 中药学 中药制药学 |
| 生命科学学院 | 生物工程 生物工程(交叉创新班) |
| 针灸推拿学院 | 中医学(卓越针推八年制) 中医学(卓越骨伤八年制) 针灸推拿学(五年制) 康复治疗学 中医学 |
| 岐黄学院 | 中西医临床医学(华佗班) 中医学(领军人才培养计划) |
| 管理学院 | 公共事业管理 工商管理 药事管理 大数据管理与应用 大数据管理与应用(成思危拔尖人才班) 公共事业管理(卫生管理) |
| 护理学院 | 护理学 |
| 人文学院 | 英语(中医药国际传播) 英语(医学) 法学(医药卫生) |
| 马克思主义学院 | |
| 国学院 | |
| 体育教学部 | |
| 国际教育学院 | |
| 第一临床医学院(东直门医院) | 中医骨伤科学 |
| 第二临床医学院(东方医院) | 中西医临床医学(华佗班) |
| 第三临床医学院(第三附属医院) | |
| 第四临床医学院(枣庄医院) | |
| 第五临床医学院(深圳医院) | |
| 第六临床医学院(房山医院) | |
| 第七临床医学院(孙思邈医院) | |
| 第八临床医学院(厦门医院) | |
| 第四临床医学院 | |
| 第五临床医学院 | |
| 第六临床医学院 | |
| 第八临床医学院 | |
| 第二临床医学院 | 中医学(卓越5+3一体化) 中医学(5+3) 中西医临床医学(华佗班) |
| 第一临床医学院 | 中医骨伤科学 |