学校设有水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、电气与动力工程学院、计算机与软件学院、力学与工程科学学院、地球科学与工程学院、农业科学与工程学院、水土保持学院、机电工程学院、信息科学与工程学院、人工智能与自动化学院、新能源学院、材料科学与工程学院、海洋学院、地理与遥感学院、数学学院、商学院、经济与金融学院、公共管理学院、应急管理与安全工程学院、法学院、马克思主义学院、外国语学院、体育系、大禹学院、未来技术学院、卓越工程师学院、河海里尔学院等专业院系。学校现有教职工3636名,具有高级职称的1654名;现有院士5人(其中外籍院士3人),国家级高层次人才103人次,省部级各类人才培养计划600余人次,博士生导师604人。现有各类学历教育学生5万余名,其中研究生18536人,普通本科生21571人,留学生1562人。